Ağaç sağlığının devamı, kaliteli ve sürekli meyve elde edilebilmesi için ihtiyaç duyulan besin maddelerinin toprağa ve ağaca kazandırılması gerekir. Uygun gübreleme ile ürün miktar ve kalitenin attığı, ağaçların hastalık ve zararlılar ile donlara karşı dayanıklılığı arttığı görülmüştür. Genel bir ifade ile sert çekirdekli meyveler yumuşak çekirdekli meyvelere göre topraktan daha fazla besin maddesi kaldırmaktadır. Meyve ağaçlarının azot (N), fosfor (P), ve potasyuma (K) olan ihtiyaçları farklıdır. Genellikle Meyveler topraktan 2,5: 1: 3,5 oranında Azot: fosfor: potasyum kaldırmaktadır.

Kayısılarda da yapılacak en iyi gübreleme, yaprak ve toprak tahlili sonucuna göre yapılmasıdır. Bir fikir vermesi bakımından 10–15 yaşları arasındaki kayısılarda 70–120 kg/ağaç ürün alınabilen ağaçlara 5–6 kg azotlu gübre, 2–3 kg Fosforlu gübre 4–5 kg potasyumlu gübre verilebilir. Tabii bu rakamlar ortalama olup, toprak şartları, ağacın gelişme kabiliyeti önemlidir.

Azotlu gübrenin 2/3 ü erken ilkbaharda çiçeklenmeden takriben 20 gün önce, geriye kalan ise hasattan 1 ay önce (çekirdeğin sertleşip karardığı dönem) sulama ile birlikte verilmelidir. Fosforlu ve potasyumlu gübrelerin tamamı şubat mart gibi erken ilkbaharda uygulanabileceği gibi 1/3 lük kısmı hasat sonrası da uygulanabilir.