Muzların hasat sonrası yaşam sürelerinin uzun olmasını sağlamak için kısa sürede uygun depolama koşullarına getirilmesi gerekir. Bu şartlar genellikle çeşitli nakliye araçları ve soğuk hava depolarında sağlanır. Klimakteriyel bir meyve olan muzların solunum hızı bir çok meyve türlerine göre çok yüksektir. Depolama sıcaklığı da yüksek olduğundan bu solunum hızını azaltma olanağı da sınırlıdır. Bu nedenle depolamada soğutma kapasitesi hesabında bu durumlar göz önüne alınmalıdır. Muz meyvesi genel olarak 13 oC de 1-2 hafta süreyle depolanabilir. Bitki olarak soğuğa daha dayanıklı olduğu halde, meyvesi soğuğa daha duyarlı olan Cavendish çeşidi 14 oC de depolanmaktadır. Ancak Dwarf Cavendish için bu sıcaklık daha düşüktür. Daha düşük sıcaklıkta çeşide ve kalma süresine bağlı olarak üşüme olur.

Depoda bağıl nem % 90-95 olmalıdır. Kontrollü atmosferli depolama olanakları varsa muzlar % 4-5 oC oksijen ve %5 CO2 ortamında 3-4 hafta dayanabilirler. Ancak bu meyveler olgunlaştırmadan sonra iyi renklendikleri halde, aroma durumları geriler. Bu sınırlar aşılınca da meyvede çeşitli koyu gri lekeler oluşur. İnce polietilen torbalarda dayanıklılığı 4-10 gün artar. Bu nedenle uzun süreli taşımalarda az delikli, kısa süreli taşımalarda ise fazla delikli polietilen torbalar kullanılır. Bunların kalınlığı 0,038 mm olmalıdır. Ülkemizde muzların depolanması üzerinde yapılmış çalışmalar yoktur. Bununla beraber muz yetiştirme bölgelerinin kuzeyinde kalan ülkemiz için uygun depolama sıcaklığı daha düşük olabilir. Ancak ülkemizde yetiştirilen muzların Cavendish grubundan oldukları da unutulmamalıdır. [9]

Muzlar depo şartlarında da önemli miktarda Etilen salgılarlar. Bu gaz depo içinde kalarak olgunluğu hızlandırır. Çünkü düşük sıcaklıklarda önemli etkisi olmayan etilen, muzun depolandığı sıcaklık şartlarında etkili olur. Bu gazın depodan alınması, depo süresini önemli ölçüde arttırır. Bu amaçla vermikülite emdirilmiş potasyum permanganat blokları depo içine konur. Muz ambalajları içine konan tarakların hastalanmaması, zarar görmemesi için difenilli kağıtlara sarılabilir veya Muz taraklarını polietilen örtülerle sarılıp içine etilen ve CO2 yi absorbe edici özel maddelerin konulması da başarılı olmaktadır. Muz depolarında etilene karşı etkili yollardan biride dış hava ile havalandırmaktır. Depo günde bir defa havalandırılacak şekilde sürekli veya birden havalandırılır. Depo içi hareketi de başlangıçta hızlı (saatte depo hacminin 50 katı), soğutma tamamlandığında yavaş olarak ayarlanmalıdır.